Удалить записи из таблицы b_file, если самого файла нет
$oRes = \CFile::GetList(['ID' => 'ASC']);
while ($arFile = $oRes->Fetch()) {
$sPath = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/upload/' . $arFile['SUBDIR'] . '/' . $arFile['FILE_NAME'];
if (!file_exists($sPath)) {
echo $arFile['ID'].PHP_EOL;
\CFile::Delete($arFile['ID']);
}
}